Egy gimnáziumi lelkigyakorlat alkalmával döntő élményben volt része: a lelkigyakorlatot kísérő jezsuita atya elmélkedései jelentősek voltak Gianna további életére. A tizenöt éves lány hite megerősödött. Ekkor mondta ki az egészen személyes „igent” Istennek. Gondolatait és imáit, amelyek azokban a napokban foglalkozatták, egy füzetbe jegyezte fel: „Jézus, megígérem neked, hogy mindent elfogadok, ami történni fog velem. Engedd megismernem akaratodat.”
Nagy akaraterővel a legjobbak közé küzdötte fel magát és 1942. júniusában kiváló eredménnyel érettségit tett. Ebben az évben, néhány hónap leforgása alatt váratlanul elveszítette szüleit: anyját áprilisban, apját szeptemberben. Sokat sírt, óriási fájdalom volt ez számára, amelyet csak a hit oldott fel, és a testvérek kapcsolatának szorosabbá válása.
Ezt követően bontakoztatta ki karitatív tevékenységét az Actio Catholica mozgalomban. Először a Gyermek és Ifjúsági Csoport küldötte lett, majd a fiatal nők elnöke. Szívesen gyűltek köréje a fiatalok, hogy meghallgassák a keresztény tanításról szóló igazi és sajátos, egyszerű és mindenki számára érthetően közreadott előadásait.
Lelkes ifjúsági vezetőként így tanította „lányait”: „Mindig ismételni fogom nektek, hogy éljetek Jézusból, járuljatok gyakran szentáldozáshoz, ne válasszátok szét az imát és az apostolkodást, mivel az apostoli munka nem gyümölcsözik imádság nélkül. Hiszen tudjátok, az Actio Catholica tagjának elsőrendű feladata az ima. Hinnünk kell, hogy Istennek hatalmában áll segíteni. De ha hiányzik a hit, üres az ima.” Gyakran figyelmeztette őket arra, hogy testvérként bánjanak a szenvedőkkel, nagy tisztelettel, és lássák bennük Krisztust, aki különösképp velük azonosítja magát: „Az erőt a szeretetnek ehhez a tevékenységéhez megtaláljátok Jézusnál, aki az Eukarisztiában közöttünk van, hogy bennünk lakjon és ő maga legyen szeretetünk forrása. Az Isten iránti mély tisztelet megalapozza az ember iránti tiszteletet is.”
Érettségi után Milánóban folytatta tanulmányait az Orvostudományi Karon. Minden nehézség ellenére jól és lelkiismeretesen tanult. Vizsgaidőszakban szigorú órarendet készített magának: napjait szentmisével kezdte és vacsora után a rózsafüzér elimádkozásával fejezte be; délelőtt és délután folyamatosan tanult, egy nagyobb ebédszünettel és pihenéssel.
A háború végén arra kényszerült, hogy a milánói egyetemről átiratkozzon a paviaira. Húgával, Virginiával együtt, aki szintén orvostanhallgató lett, béreltek egy kis szobát és belevetették magukat a tanulásba. Gianna úgy érezte, megtalálta a hivatását, amiről álmodott.
